Mở đầu câu chuyện khi gia đình Little đến trại trẻ mồ côi để nhận một đứa con nuôi làm bạn với cậu bé George. Nhưng thay vì nhận những đứa trẻ xinh xắn, gia đình Little lại để mắt đến một chú chuột bé xíu dễ thương tên là Stuart khi ấy đang đọc cuốn sách Little Women. Trong phim Chú Chuột Siêu Quậy, để trở thành thành viên chính thức trong gia đình Little quả là một việc không hề đơn giản với Stuart. Họ phải học cách sống chung với cậu, chấp nhận tất cả những sự khác biệt ở cậu. Stuart từ đó có thêm người anh trai tốt bụng George, bố Frederick Little, mẹ Eleanor Little, nhưng đồng thời cậu có một kẻ thù không chịu đội trời chung là chú mèo Snowbell. Không chỉ chú mèo Snowbell mà bên ngoài còn cả một đám mèo lang thang rình rập đe dọa tính mạng của Stuart bé nhỏ.